בית המדרש לבוגרים פועל תחת חסותה של המכינה ופתוח לבוגרי המכינה ולבחורים נוספים המעוניינים להמשיך ולהתקדם בבניין התורה שלהם לאחר השחרור מהצבא.

בראש בית המדרש עומד הרב ישראל וינגוט, ומרכז את לימודי האמונה הרב מיכאל אטלני.

אופי הלימוד בבית המדרש הוא ישיבתי ונלמדים בו בעיקר שיעורי גמרא, הלכה ואמונה, אך יש בו מקום רב למעוניינים לשלב עבודה או לימודים – תוך כדי הלימוד או לאחר תקופת לימוד בבית המדרש.

בית המדרש לבוגרים פועל כבר יותר מעשור ומונה כיום כשלושים  וחמישה תלמידים, חלקם נשואים ומתגוררים ביישוב וחלקם רווקים שזה עתה השתחררו מהצבא.