מכינת עצם הוקמה בשנת התשנ”ב(1991) על ידי הרב רפי פרץ בישוב עצמונה שבגוש קטיף.

לאחר הגירוש מגוש קטיף(התשס”ה-2005), עברה המכינה למשכן הזמני במושב יתד למשך 5 שנים.

בשנת התש”ע-2010 נכנסה המכינה למשכנה הקבוע במושב נווה שבחבל חלוצה- התיישבות חקלאית חדשה בלב המדבר.

מוסדות המכינה מונים כיום כ- 300 תלמידים. בשנה א’ כ- 150, בשנה ב’ כ- 100, כ-30 בוגרים בבית מדרש לבוגרי צבא וכ-20 בנות במדרשה לבנות שהוקמה השנה(התש”פ-2019) במקביל למכינה בישוב הסמוך- שלומית.

כיום עומד בראשות המכינה בנו, הרב רעי פרץ והוא ממשיך להצעיד ולהוביל את המכינה קדימה בסייעתא דשמיא.